1．“航空航天工程”专业单独招生
　　上海交通大学是我国航空科研教育的先驱和基地，有着航空报国的辉煌历史。1935年设立飞机组，是我国最早的航空专业。曾培养出了我国第一位军用飞机总设计师黄志千和第一位民用飞机总设计师马凤山。
　　2008年及以前，“航空航天工程”是作为“机械类”中的一个专业招生的。为了配合我国大飞机项目的实施，为大飞机项目研发基地和总装基地落户上海培养人才，上海交通大学2008年成立航空航天学院，2009年“航空航天工程”专业开始单独招生。
　　2．生命科学技术学院分两个专业大类招生
  2009年起，生命科学技术学院改为两个专业大类招生，即生物科学类（含生物技术、生物工程两个专业）、生物医学工程（含生物医学工程、生物信息学两个专业）。同时“生命科学与技术基地班”改从大学二年级学生中选拔。
　　3．农业与生物学院的“环境生态类”在上海、浙江、山东三地实行提前批次招生
 　　为培养我国都市农业和现代农业的发展人才，我校从2009年起，在上海市、浙江省、山东省等三省市，以提前批次录取“环境生态类”学生。
　　其中，上海市计划录取50名“环境生态类”考生，由上海市农业委员会委托上海交通大学定向培养，当签订三方协议后，上海市农委每年为这些同学提供在学期间学费、住宿费和生活补贴费（2009年学年标准为学费5000元、住宿费1200元、生活补贴费3000元）。当学生修读“农业经济管理”第二专业，修满30学分后，一次性提供3000元研修补贴。毕业后，由上海市农委安排工作。
　　4．医学院“护理学”专业以单独招生代码招生 
　　医学院“护理学”专业以单独招生代码在上海市以提前批次招生，在浙江省以第一批次招生，在其他省市不招生。
　　请浙江省考生注意：在浙江省理科第一批次中会同时出现“上海交大医学院”和“上海交大医学院护理学”两个招生代码。填报“上海交大医学院”代码不能被“护理学”专业录取。
　　5．医学院精简专业
　　医学院09年不再单独招收“药学”、“公共事业管理”两专业。这样，以交大医学院招生的专业都是医学类核心专业，更适合立志报考医学院的同学选报。
　　6．新设立“交大理科班”
　　从今年九月新入学的同学中，严格挑选25-30人组成“交大理科班”，集全校之力，同时聘请国外顶级专家参与培养全过程。该班实施真正意义上的导师制，结合研讨、报告和具体科研项目，培养同学们的科研能力。大部分学习成绩优异的学生将直接获得进入硕士、博士阶段学习的机会。